GVIZ

doi：10.18129/b9.bioc.gviz

该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅GVIZ。

沿基因组坐标绘制数据和注释信息

生物导体版本：3.9

基因组数据分析需要对已知基因组信息和新实验数据的整合可视化。GVIZ使用BiomArt和rtracklayer软件包来执行实时注释查询以ement和UCSC，并将其转换为例如。网格图形包的视口中的基因/转录结构。这导致基因组信息与您的数据一起绘制。

作者：Florian Hahne [Aut]，Steffen Durinck [AUT]，Robert Ivanek [Aut，CRE]，Arne Mueller [aut]，Steve Lianoglou [aut]，Ge Tan [aut]，Lance Parsons [aut]，Shraddha Pai [aut]

维护者：Robert Ivanek

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ gviz”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Gviz”）

html	R脚本	GVIZ用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	微阵列，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.28.3
在生物导体中	Bioc 2.10（R-2.15）（7。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 2.10.0），方法，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges（> = 1.99.18），基因组机（> = 1.17.20），网格
进口	xvector（> = 0.5.7），rtracklayer（> = 1.25.13），格子，，，，rcolorbrewer，，，，Biomart（> = 2.11.0），AnnotationDbi（> = 1.27.5），生物酶（> = 2.15.3），GenomicFeatures（> = 1.17.22），BSGENOME（> = 1.33.1），生物弦（> = 2.33.11），Biovizbase（> = 1.13.8），rsamtools（> = 1.17.28），LatticeExtra（> = 0.6-26），矩阵（> = 0.8.14），基因组签名（> = 1.1.16），GenomeInfodB（> = 1.1.3），生物基因（> = 0.11.3），消化（> = 0.6.8）
链接
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，生物使用，，，，尼特，，，，KableExtra，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/ivanek/gviz
BugReports	https://github.com/ivanek/gviz/issues
取决于我	Biomvrcns，，，，Chimeraviz，，，，西塞罗，，，，彗星，，，，腹带，，，，dmrforpairs，，，，甲基化arrayAnalysy，，，，PBase，，，，PVIZ，，，，rnaseqgene
进口我	等位基因平衡，，，，阿斯普利，，，，Cagefightr，，，，cnvranger，，，，dmrcate，，，，埃尔默，，，，GenStructurotootools，，，，基因组间，，，，ggtools，，，，inpas，，，，马瑟，，，，MCSEA，，，，一顿饭，，，，甲基分析，，，，甲基管，，，，Motifbreakr，，，，pi，，，，ping，，，，Primirtss，，，，碎片，，，，斯坦，，，，TrackViewer，，，，TVTB，，，，变体滤波器
建议我	Annmap，，，，CageWorkFlow，，，，蜂窝监测器，，，，chipseqdb，，，，CNER，，，，csawusersguide，，，，深布鲁尔，，，，Ensembldb，，，，基因组机，，，，Gwascat，，，，InteractiveSplay，，，，Interminer，，，，PQSFINDER，，，，准，，，，rnbeads，，，，single.mtec.transcriptomes，，，，剪接图，，，，tfutils，，，，txreginfra
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	gviz_1.28.3.tar.gz
Windows二进制	gviz_1.28.3.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	gviz_1.28.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gviz
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/gviz
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/gviz/
软件包下载报告	下载统计