GlobalAncova

DOI:10.18129 / B9.bioc.GlobalAncova

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GlobalAncova。

全球测试组变量通过模型比较

Bioconductor版本:3.9

感兴趣的变量之间的关系(例如,两组)和全球模式的一组变量(如基因集)是全球野生测试通过。我们给下面的参数支持GlobalAncova方法:适当的正常化后,基因表达数据出现,而对称和离群值没有真正的问题,所以最小二乘应该相当强劲。ANCOVA交互产生饱和数据建模如不同意味着每组和基因。协变量调整可以帮助纠正可能选择偏见。残差方差同质性和不相关的无法预期。普通最小二乘法的应用给予公正的,但不再最优估计(Gauss-Markov-Aitken)。因此,使用经典的野生是不合适的,由于相关性。然而镜子偏离零假设检验统计量。结合一个排列方法,实证意义可以近似水平。另外,一个近似收益率渐近假定值。 The framework is generalized to groups of categorical variables or even mixed data by a likelihood ratio approach. Closed and hierarchical testing procedures are supported. This work was supported by the NGFN grant 01 GR 0459, BMBF, Germany and BMBF grant 01ZX1309B, Germany.

作者:美国Mansmann, r·迈斯特·m·胡默尔r . Scheufele s Knueppel的贡献

维护人员:曼胡默尔< m。无角的在dkfz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GlobalAncova”)

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文档

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PDF	R脚本	GlobalAncova.pdf
PDF	R脚本	GlobalAncovaDecomp.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,微阵列,OneChannel,通路,回归,软件
版本	4.2.0
Bioconductor自	BioC 1.7 (r - 2.2)(14年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	方法,corpcor,globaltest
进口	注释,AnnotationDbi,Biobase,dendextend,GSEABase,VGAM
链接
建议	GO.db,KEGG.db,golubEsets,hu6800.db,vsn,Rgraphviz
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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包档案

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源包	GlobalAncova_4.2.0.tar.gz
Windows二进制	GlobalAncova_4.2.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GlobalAncova_4.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GlobalAncova
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GlobalAncova
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GlobalAncova/
包下载报告	下载数据