GenomicScores
DOI:
10.18129 / B9.bioc.GenomicScores
这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicScores。
基础设施与全基因组position-specific分数
Bioconductor版本:3.9
提供基础设施来存储和访问全基因组在R和Bioconductor position-specific分数。
作者:罗伯特Castelo (aut (cre),加索尔菲(施)
维护人员:罗伯特Castelo <罗伯特。在upf.edu castelo >
从内部引用(R,回车引用(“GenomicScores”)
):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicScores”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GenomicScores”)
细节
biocViews |
注释,报道,遗传学,基础设施,测序,软件 |
版本 |
1.8.1 |
Bioconductor自 |
BioC 3.5 (r - 3.4)(2.5年) |
许可证 |
艺术- 2.0 |
取决于 |
R (> = 3.4),S4Vectors(> = 0.7.21),GenomicRanges、方法、BiocGenerics(> = 0.13.8) |
进口 |
跑龙套,XML,Biobase,IRanges(> = 2.3.23),Biostrings,BSgenome,GenomeInfoDb,AnnotationHub |
链接 |
|
建议 |
BiocStyle,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,phastCons100way.UCSC.hg19,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,VariantAnnotation,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,gwascat,RColorBrewer |
SystemRequirements |
|
增强了 |
|
URL |
https://github.com/rcastelo/GenomicScores |
BugReports |
https://github.com/rcastelo/GenomicScores/issues |
取决于我 |
fitCons.UCSC.hg19,MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38,MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38,MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38,MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5,MafDb.gnomAD.r2.0.1.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5,MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38,MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5,MafDb.TOPMed.freeze5.hg19,MafDb.TOPMed.freeze5.hg38,phastCons100way.UCSC.hg19,phastCons100way.UCSC.hg38,phastCons7way.UCSC.hg38 |
进口我 |
appreci8R,ATACseqQC,primirTSS,RareVariantVis,VariantFiltering |
建议我 |
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我的链接 |
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构建报告 |
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包档案
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指示在R会话中使用这个包。