这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见GenomicRanges.
Bioconductor版本:3.9
在分析高通量测序数据(又称NGS数据)时,有效地表示和操作基因组注释和比对的能力发挥着核心作用。GenomicRanges包定义了通用容器,用于存储和操作基因组间隔和基因组定义的变量。更专门的容器分别定义在GenomicAlignments和summarizeexperiment包中,用于表示和操作针对参考基因组的短对齐,或类似矩阵的实验摘要。这两个软件包都建立在GenomicRanges基础设施之上。
作者:P. Aboyoun, H. Pagès, M. Lawrence
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内,输入引用(“GenomicRanges”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GenomicRanges")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“GenomicRanges”)
超文本标记语言 | R脚本 | 1.genome ranges软件包简介 |
R脚本 | 2.GenomicRanges howto | |
R脚本 | 3.GRanges和GRangesList对象的简要介绍(幻灯片) | |
R脚本 | 4.你不知道的十件事(幻灯片来自bio2016) | |
R脚本 | 5.延长GenomicRanges | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | GenomicRanges_1.36.1.tar.gz |
Windows二进制 | GenomicRanges_1.36.1.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | GenomicRanges_1.36.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicRanges |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicRanges |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicRanges/ |
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