GenomicFiles

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicFiles

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicFiles。

分布式计算文件或范围

Bioconductor版本:3.9

这个包提供了并行计算的分布式基础设施“按文件”或“的范围”。用户定义的映射器和减速机功能提供额外的数据组合和操作的灵活性。

作者:Bioconductor包维护者(aut (cre),瓦莱丽Obenchain (aut),迈克尔·爱(aut), Lori牧羊人(aut),马丁·摩根(aut)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicFiles”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicFiles”)

PDF	R脚本	介绍GenomicFiles
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		阅读从BAM文件——第2部分

细节

biocViews	报道,DataImport,遗传学,基础设施,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.1.0)、方法BiocGenerics(> = 0.11.2),GenomicRanges(> = 1.31.16),SummarizedExperiment,BiocParallel(> = 1.1.0),Rsamtools(> = 1.17.29),rtracklayer(> = 1.25.3)
进口	GenomicAlignments(> = 1.7.7),IRanges,S4Vectors(> = 0.9.25),VariantAnnotation(> = 1.27.9),GenomeInfoDb
链接
建议	BiocStyle,RUnit,genefilter,deepSNV,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,Biostrings,Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	erma
进口我	CAGEfightR,contiBAIT,derfinder,gQTLBase,gQTLstats,ldblock,QuasR,Rqc,VCFArray,yriMulti
建议我	TFutils,TxRegInfra
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenomicFiles_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicFiles_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GenomicFiles_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicFiles
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicFiles
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicFiles/
包下载报告	下载数据