GenomicFeatures
DOI:
10.18129 / B9.bioc.GenomicFeatures
这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicFeatures。
方便地导入和查询基因模型
Bioconductor版本:3.9
一组工具和方法制造和操作记录为中心的注释。用这些工具,用户可以很容易地下载成绩单的基因组的位置,外显子和cd的给定的有机体,从UCSC基因组浏览器或BioMart数据库(在未来将支持更多的来源)。然后这些信息存储在一个本地数据库,跟踪记录之间的关系,外显子、cd和基因。提供灵活的方法提取所需的功能在一个方便的格式。
作者:m·卡尔森h .页面,p . Aboyoun猎鹰,m·摩根,d . Sarkar m·劳伦斯诉Obenchain
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“GenomicFeatures”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicFeatures”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GenomicFeatures”)
细节
| biocViews |
注释,遗传学,GenomeAnnotation,基础设施,测序,软件 |
| 版本 |
1.36.4 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.5 (r - 2.10)(10年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.29),IRanges(> = 2.13.23),GenomeInfoDb(> = 1.15.4),GenomicRanges(> = 1.31.17),AnnotationDbi(> = 1.41.4) |
| 进口 |
方法、跑龙套、统计数据、工具DBI,RSQLite(> = 2.0),RCurl,XVector(> = 0.19.7),Biostrings(> = 2.47.6),rtracklayer(> = 1.39.7),biomaRt(> = 2.17.1),Biobase(> = 2.15.1) |
| 链接 |
|
| 建议 |
RMariaDB,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.17),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.17),mirbase.db,FDb.UCSC.tRNAs,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene(> = 2.7.1),TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene(> = 3.4.7),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene(> = 3.4.6),SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38,Rsamtools,pasillaBamSubset(> = 0.0.5),GenomicAlignments(> = 1.15.7),ensembldb,RUnit,BiocStyle,knitr |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 取决于我 |
cpvSNP,ensembldb,exomePeak,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18,FDb.InfiniumMethylation.hg19,FDb.UCSC.snp135common.hg19,FDb.UCSC.snp137common.hg19,FDb.UCSC.tRNAs,generegulation,GSReg,吉他,HelloRanges,Homo.sapiens,ima,InPAS,iva,Mus.musculus,mygene,OrganismDbi,先驱者,RareVariantVis,Rattus.norvegicus,RNAprobR,rnaseqGene,SplicingGraphs,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28,TxDb.Btaurus.UCSC.bosTau8.refGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce11.ensGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene,TxDb.Cfamiliaris.UCSC.canFam3.refGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene,TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene,TxDb.Drerio.UCSC.danRer11.refGene,TxDb.Ggallus.UCSC.galGal4.refGene,TxDb.Ggallus.UCSC.galGal5.refGene,TxDb.Hsapiens.BioMart.igis,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac3.refGene,TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac8.refGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro4.refGene,TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro5.refGene,TxDb.Rnorvegicus.BioMart.igis,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer2.sgdGene,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene,TxDb.Sscrofa.UCSC.susScr11.refGene,TxDb.Sscrofa.UCSC.susScr3.refGene |
| 进口我 |
AllelicImbalance,高山,AnnotationHubData,annotatr,appreci8R,ASpli,BgeeCall,BiocOncoTK,biovizBase,bumphunter,CAGEfightR,卡斯珀,ChIPpeakAnno,ChIPQC,ChIPseeker,compEpiTools,CompGO,consensusDE,crisprseekplus,csaw,customProDB,decompTumor2Sig,derfinder,derfinderPlot,EDASeq,埃尔默,epivizrData,epivizrStandalone,esATAC,EventPointer,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18,FDb.InfiniumMethylation.hg19,FDb.UCSC.snp135common.hg19,FDb.UCSC.snp137common.hg19,FDb.UCSC.tRNAs,GA4GHshiny,genbankr,geneAttribution,geneLenDataBase,GenVisR,ggbio,gmapR,gQTLstats,Gviz,gwascat,Homo.sapiens,HTSeqGenie,icetea,检查,感兴趣,karyoploteR,光民,mCSEA,metagene,methyAnalysis,msgbsR,MTseeker,MTseekerData,Mus.musculus,ORFik,Organism.dplyr,PGA,proBAMr,profileplyr,PureCN,qpgraph,QuasR,Rattus.norvegicus,美国广播公司,rCGH,recountWorkflow,Rhisat2,RiboProfiling,颈背,SGSeq,SplicingGraphs,分裂,srnadiff,systemPipeR,TCGAbiolinks,TCGAutils,TFEA.ChIP,trackViewer,transcriptR,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25,TxDb.Hsapiens.BioMart.igis,TxDb.Rnorvegicus.BioMart.igis,tximeta,Ularcirc,VariantAnnotation,VariantFiltering,VariantTools,wavClusteR |
| 建议我 |
AnnotationHub,强盗,biomvRCNS,Biostrings,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau8,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Celegans.UCSC.ce11,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17,BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2,BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6,CAGEWorkflow,chipseq,chromPlot,CrispRVariants,腰带,curatedAdipoChIP,DEXSeq,啪嗒啪嗒地响,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges,groHMM,HDF5Array,IRanges,海市蜃楼,parathyroidSE,重新计票,RIPSeeker,Rsamtools,rtracklayer,ShortRead,Single.mTEC.Transcriptomes,SummarizedExperiment,TFutils,三硝基甲苯,wiggleplotr |
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