GeneNetworkBuilder

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneNetworkBuilder

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GeneNetworkBuilder。

GeneNetworkBuilder: bioconductor包构建监管网络使用ChIP-chip / ChIP-seq数据和基因表达数据

Bioconductor版本:3.9

多线程的发现直接或间接目标转录因子使用ChIP-chip或ChIP-seq,和微阵列或RNA-seq基因表达数据。输入一组基因的潜在目标一个特遣部队ChIP-chip或ChIP-seq和基因表达的结果,GeneNetworkBuilder生成一个特遣部队的监管网络。

作者:Jianhong Ou,叫海波Liu海蒂Tissenbaum和丽华朱莉朱

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GeneNetworkBuilder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GeneNetworkBuilder”)

HTML	R脚本	GeneNetworkBuilder装饰图案
HTML	R脚本	从基因的列表生成网络
HTML	R脚本	处理BioGRID时,字符串
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork,微阵列,测序,软件
版本	1.26.1
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(7年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.15.1),Rcpp(> = 0.9.13)
进口	plyr,图,htmlwidgets,Rgraphviz,rjson,XML、方法、grDevices、统计数据、图形
链接	Rcpp
建议	RUnit,BiocGenerics,RBGL,knitr,simpIntLists,闪亮的,STRINGdb
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GeneNetworkBuilder_1.26.1.tar.gz
Windows二进制	GeneNetworkBuilder_1.26.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GeneNetworkBuilder_1.26.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneNetworkBuilder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeneNetworkBuilder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneNetworkBuilder/
包下载报告	下载数据