GeneGeneInteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneGeneInteR

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GeneGeneInteR。

工具测试基因基因在基因层面的交流

Bioconductor版本:3.9

这个包的目的是提出几种方法病例对照关联研究的基因基因交互测试。这种测试可以通过聚合SNP-SNP SNP级别的交互测试执行(SSI)或通过使用基因基因multidimensionnal方法(GGI)方法。包还提出了工具的图形显示结果。

作者:马修艾米丽,尼古拉•Sounac Florian Kroell, Magalie Houee-Bigot

维护人员:马修艾米丽<马修。艾米丽在agrocampus-ouest.fr >, Magalie Houee-Bigot < Magalie。在agrocampus-ouest.fr houee >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GeneGeneInteR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GeneGeneInteR”)

PDF	R脚本	GeneGeneInteR介绍
PDF	R脚本	两两交互测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability,遗传学,GenomeWideAssociation,单核苷酸多态性,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5)
进口	snpStats,mvtnorm,GGtools,Rsamtools,igraph,kernlab,FactoMineR,plspm,IRanges,GenomicRanges,data.tablegrDevices图形,统计,跑龙套,方法
链接
建议
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GeneGeneInteR_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	GeneGeneInteR_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GeneGeneInteR_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneGeneInteR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeneGeneInteR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneGeneInteR/
包下载报告	下载数据