GWASTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GWASTools

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GWASTools。

全基因组关联研究的工具

Bioconductor版本:3.9

类来存储很大的GWAS的数据集和注释,对GWAS数据清洗和分析和功能。

作者:斯蒂芬妮·m·Gogarten凯茜劳丽,印度央行Bhangale,马修·p·Conomos Cecelia劳丽,迈克尔·劳伦斯,凯特琳麦克休,伊恩画家,Xiuwen郑,杰西沈,罗希特•Swarnkar艾德丽安Stilp,莎拉·纳尔逊

维护人员:斯蒂芬妮·m·Gogarten < sdmorris uw.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GWASTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GWASTools”)

PDF	R脚本	数据格式在GWASTools
PDF	R脚本	GWAS数据清理
PDF	R脚本	Affymetrix准备数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability,微阵列,质量控制,单核苷酸多态性,软件
版本	1.30.1
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase
进口	图形、统计、跑龙套、方法gdsfmt,DBI,RSQLite,GWASExactHW,DNAcopy,生存,三明治,航空航天,logistf,quantsmooth
链接
建议	ncdf4,GWASdata,BiocGenerics,RUnit,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,SNPRelate,snpStats,S4Vectors,VariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/smgogarten/GWASTools
取决于我	GWASdata
进口我	《创世纪》,gwasurvivr
建议我	podkat
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GWASTools_1.30.1.tar.gz
Windows二进制	GWASTools_1.30.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GWASTools_1.30.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GWASTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GWASTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GWASTools/
包下载报告	下载数据