创世纪

doi：10.18129/b9.bioc.genesis

该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅创世纪。

结构化样品的遗传估计和推断（Genesis）：分析来自种群结构和/或相关性样本的遗传数据的统计方法

生物导体版本：3.9

Genesis软件包提供了用于在遗传分析中估计，推断和计算种群和谱系结构的方法。当前的实现提供了执行PC-AIR（Conomos等，2015，Gen Epi）和PC链接（Conomos等，2016，AJHG）的功能。PC-Air对全基因组SNP数据进行了主要成分分析，以检测可能包含已知或隐性相关性的样品中的种群结构。与标准PCA不同，PC-Air解释了样本中的相关性，以提供准确的祖先推断，而这些推论不会被家庭结构混淆。PC-Realate使用祖先代表性的主要成分来调整种群结构/祖先，并准确估计最近的遗传相关性，例如亲属系数，IBD共享概率和近交系数。此外，还提供了对定量和二进制表型的有效方差组件估计和混合模型关联测试的功能。

作者：Matthew P. Conomos，Stephanie M. Gogarten，Lisa Brown，Han Chen，Ken Rice，Tamar Sofer，Timothy Thornton，Chaoyu Yu

维护者：Stephanie M. Gogarten

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ genesis”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“创世纪”）

html	R脚本	使用Genesis软件包分析序列数据
html	R脚本	使用Genesis软件包进行遗传关联测试
html	R脚本	使用Genesis软件包的种群结构和相关性推断
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	生物浏览，，，，维度，，，，遗传因素，，，，遗传学，，，，Genomewideassociation，，，，委托人，，，，QualityControl，，，，SNP，，，，软件，，，，统计信息
版本	2.14.4
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（4。5年）
执照	GPL-3
要看
进口	生物酶，，，，生物基因，，，，Gwastools，，，，GDSFMT，，，，基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，Seqarray，，，，Seqvartools，，，，Snprelate，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，foreach，图形，grdevices，Igraph，，，，矩阵， 方法，RESHAPE2，统计，utils
链接
建议	组合，，，，Poibin，，，，民意调查，，，，测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，Gwasdata，，，，GGPLOT2，，，，ggally，，，，rcolorbrewer，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL	https://github.com/uw-gac/genesis
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	genesis_2.14.4.4.tar.gz
Windows二进制	genesis_2.14.4.4.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	GENES_2.14.4.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genesis
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/创世纪
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/genesis/
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