这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见GAPGOM.
Bioconductor版本:3.9
lncRNA注释预测的各种测量方法和工具的集合,放在可重新分发的R包中。该软件包包含两个主要算法;lncRNA2GOA和TopoICSim。lncRNA2GOA试图通过对相关表达数据使用各种相关/几何评分方法来注释新基因(在这个特定情况下是lncRNAs)。关联/评分后,对结果进行注解和丰富。TopoICSim是一种基于拓扑的方法,通过信息含量(IC)比较GO术语之间基于GO DAG拓扑的基因相似性。
作者:Casper Peters [aut, cre], Finn Drabløs [aut], Rezvan Ehsani [aut]
维护者:Casper Peters
引文(从R内,输入引用(“GAPGOM”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GAPGOM")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“GAPGOM”)
超文本标记语言 | R脚本 | GAPGOM简介 |
超文本标记语言 | R脚本 | 基准测试和其他GO相似方法 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 去,GeneExpression,GenePrediction,软件 |
版本 | 1.0.0 |
在Bioconductor | BioC 3.9 (R-3.6)(< 6个月) |
许可证 | MIT +文件许可 |
取决于 | R (>= 3.6.0) |
进口 | 统计,效用,方法,矩阵,fastmatch,plyr,dplyr,magrittr,data.table,igraph,图,RBGL,GO.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,GOSemSim,GEOquery,AnnotationDbi,Biobase,BiocFileCache,matrixStats |
链接 | |
建议 | org.Dm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Sc.sgd.db,org.Dr.eg.db,org.Ce.eg.db,org.At.tair.db,org.EcK12.eg.db,org.Bt.eg.db,org.Cf.eg.db,org.Ag.eg.db,org.EcSakai.eg.db,org.Gg.eg.db,org.Pt.eg.db,org.Pf.plasmo.db,org.Mmu.eg.db,org.Ss.eg.db,org.Xl.eg.db,testthat,pryr,knitr,rmarkdown,prettydoc,ggplot2,kableExtra,profvis,reshape2 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/Berghopper/GAPGOM/ |
BugReports | https://github.com/Berghopper/GAPGOM/issues/ |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | GAPGOM_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | GAPGOM_1.0.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | GAPGOM_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GAPGOM |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GAPGOM |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GAPGOM/ |
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