ENmix

DOI:10.18129 / B9.bioc.ENmix

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见ENmix．

Illumina HumanMethylation450和MethylationEPIC BeadChip的数据预处理和质量控制

Bioconductor版本:3.9

ENmix包为Illumina HumanMethylation450和MethylationEPIC串珠芯片提供了一套质量控制和数据预处理工具。它包括ENmix背景校正，RELIC染料偏置校正，RCP探针型偏置调整，以及一些额外的工具。这些功能可用于去除不必要的实验噪声，从而提高甲基化测量的准确性和可重复性。ENmix函数灵活且透明。用户可以选择一个管道命令来完成所有数据预处理步骤(包括背景校正、染料偏置校正、阵列间归一化和探针偏置校正)，也可以选择按顺序使用各个函数以更定制的方式执行数据预处理。此外，ENmix包具有可选择的补充功能，用于高效的数据可视化(如数据分布图);质量控制(识别和过滤低质量数据点、样本、探针和异常值，以及缺失值的补充);由于snp或其他因素，探针具有多模态分布;用主成分回归分析图探讨数据方差结构下游统计分析中拟调整的实验因子相关替代控制变量的制备; and an efficient algorithm oxBS-MLE to estimate 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine level.

作者:徐宗礼[cre, aut]，牛亮[aut]，李乐平[ctb]， Jack Taylor [ctb]

维护者:徐宗丽

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ENmix")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ENmix”)

PDF	R脚本	ENmix用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DNAMethylation，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，ImmunoOncology，MethylationArray，微阵列，多通道，归一化，OneChannel，预处理，PrincipalComponent，质量控制，回归，软件，TwoChannel
版本	1.21.6
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	平行,doParallel，foreach，SummarizedExperiment,统计数据
进口	grDevices、图形preprocessCore，matrixStats，方法，utils，西瓜，股东价值分析，geneplotter，嫁祸于，minfi，RPMM，illuminaio，dynamicTreeCut，Biobase，ExperimentHub，AnnotationHub，genefilter，gplots，quadprog，S4Vectors
链接
建议	minfiData，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ENmix_1.21.6.tar.gz
Windows二进制	ENmix_1.21.6.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ENmix_1.21.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ENmix
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ENmix
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ENmix/
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