EDASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.EDASeq

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅EDASeq。

探索性数据分析和RNA-Seq正常化

Bioconductor版本:3.9

数值和图形的摘要RNA-Seq读取数据。Within-lane规范化程序调整GC-content效应(或其他能够影响)在阅读方面:黄土健壮的局部回归,全球范围内,full-quantile正常化(Risso et al ., 2011)。Between-lane规范化程序调整车道分布差异(例如,测序深度):全球范围内和full-quantile正常化(布拉德et al ., 2010)。

作者:大卫Risso (aut、cre cph], Sandrine Dudoit (aut),路德维希Geistlinger(施)

维护人员:大卫Risso < Risso。大卫。gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EDASeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“EDASeq”)

HTML	R脚本	EDASeq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件
版本	2.18.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase(> = 2.15.1),ShortRead(> = 1.11.42)
进口	方法、图形BiocGenerics,IRanges(> = 1.13.9),DESeq,aroma.light,Rsamtools(> = 1.5.75),biomaRt,Biostrings,AnnotationDbi,GenomicFeatures,GenomicRanges,BiocManager
链接
建议	BiocStyle,knitr,yeastRNASeq,leeBamViews,刨边机,KernSmooth,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drisso/EDASeq
BugReports	https://github.com/drisso/EDASeq/issues
取决于我	metaseqR,RUVSeq
进口我	consensusDE,DaMiRseq,EnrichmentBrowser,TCGAbiolinks
建议我	bigPint,DEScan2,HTSFilter
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EDASeq_2.18.0.tar.gz
Windows二进制	EDASeq_2.18.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	EDASeq_2.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EDASeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EDASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EDASeq/
包下载报告	下载数据