DrugVsDisease

DOI:10.18129 / B9.bioc.DrugVsDisease

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DrugVsDisease。

疾病和药物的比较资料使用基因集富集分析

Bioconductor版本:3.9

这个包生成排名列表疾病或药物基因差异表达的概要文件。输入数据可以从数组表达或地理,下载或从当地移动电话文件。排名列表相关的微分表达式和使用Limma假定值的计算。浓缩的分数(萨勃拉曼尼亚et al . 2005年PNAS)计算参考设置默认的药物或疾病的资料,或一组用户提供的自定义数据。网络可视化的重要分数Cytoscape格式的输出。

作者:c . Pacini

维护人员:j。Saez-Rodriguez < saezrodriguez在ebi.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DrugVsDisease”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DrugVsDisease”)

PDF	R脚本	DrugVsDisease
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,微阵列,软件
版本	2.26.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.10),affy,limma,biomaRt,ArrayExpress,GEOquery,DrugVsDiseasedata,cMap2data,qvalue
进口	注释,hgu133a.db,hgu133a2.db,hgu133plus2.db,RUnit,BiocGenerics,xtable
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DrugVsDisease_2.26.0.tar.gz
Windows二进制	DrugVsDisease_2.26.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DrugVsDisease_2.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DrugVsDisease
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DrugVsDisease
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DrugVsDisease/
包下载报告	下载数据