Drimseq

doi:10.18129/b9.bioc.drimseq

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Drimseq

在RNA-Seq中使用Dirichlet-Multinomial模型进行差分转录用法和TUQTL分析

生物导体版本:3.9

该软件包提供了两个框架。一种用于不同条件与TUQTL分析之间的差分转录用法分析。两者都是基于建模与迪里奇 - 单胞分布的基因组特征(即转录本)的计数。该软件包还提供了可视化和探索数据和结果的功能。

作者:Malgorzata Nowicka [AUT,CRE]

维护者:malgorzata nowicka

引用(从r内,输入引用(“ Drimseq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ drimseq”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

BrowseVignettes(“ Drimseq”)

PDF R脚本 用DRIMSEQ软件包在RNA-Seq中进行差异笔录的使用和转录用法QTL分析
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 替代方案,,,,差异性,,,,差速器,,,,基因表达,,,,遗传学,,,,免疫学,,,,多重组合,,,,rnaseq,,,,SNP,,,,测序,,,,软件,,,,工作流程
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(3。5年)
执照 GPL(> = 3)
要看 R(> = 3.4.0)
进口 UTIT,统计,大量的,,,,基因组机,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,生物基因, 方法,生物比较,,,,林玛,,,,EDGER,,,,GGPLOT2,,,,RESHAPE2
链接
建议 pasillatranscriptexpr,,,,geuvadistranscriptexpr, 网格,生物使用,,,,尼特,,,,测试
系统要求
增强
URL
取决于我 rnaseqdtu
进口我 土匪,,,,同工型间分析仪
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 drimseq_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 drimseq_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) drimseq_1.12.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/drimseq
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/drimseq
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/drimseq/
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