剂量
DOI:10.18129 / B9.bioc.DOSE
这个包是Bioconductor的3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参阅剂量。
疾病本体的语义与丰富分析
Bioconductor版本:3.9
该软件包实现了Resnik、Schlicker、Jiang、Lin和Wang分别提出的五种方法，用于测量DO术语和基因产品之间的语义相似性。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析也实现发现疾病关联的高通量生物数据。
作者:余光闯[aut, cre]，王利根[ctb]， Vladislav peyuk [ctb]， Giovanni Dall'Olio [ctb]
维护人员:Guangchuang Yu
引用(从R中，输入引用(“剂量”)):
安装
要安装这个包，启动R(版本"3.6")，并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DOSE")
对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:
browseVignettes(“剂量”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 剂量语义相似性分析 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 剂量 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释,GeneSetEnrichment,MultipleComparison,通路,软件,可视化 |
| 版本 | 3.10.2 |
| Bioconductor自 | BioC 2.9 (R-2.14)(8年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.4.0) |
| 进口 | AnnotationDbi,BiocParallel,DO.db,fgsea,ggplot2,GOSemSim(> = 2.0.0)、方法qvalue,reshape2,S4Vectors统计,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | prettydoc,clusterProfiler,knitr,org.Hs.eg.db,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://guangchuangyu.github.io/software/DOSE |
| BugReports | https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | bioCancer,clusterProfiler,debrowser,eegc,enrichplot,GDCRNATools,林肯,MAGeCKFlute,网格,miRsponge,miRspongeR,MoonlightR,PathwaySplice,ReactomePA,RNASeqR,scTensor |
| 建议我 | GOSemSim |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在你的R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | DOSE_3.10.2.tar.gz |
| Windows二进制 | DOSE_3.10.2.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | DOSE_3.10.2.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/剂量 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
