DMRcaller

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcaller

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DMRcaller。

调用者差异甲基化区域

Bioconductor版本:3.9

使用酸性亚硫酸盐测序数据之间的两个条件,识别差异甲基化区域的条件在CG和non-CG上下文。输入是残雪报告文件由俾斯麦和dmr的输出是一个列表存储为农庄组织对象。

作者:尼古拉·拉Zabet < n.r。在gen.cam.ac.uk zabet >,Jonathan Michael Foonlan Tsang , Alessandro Pio Greco and Ryan Merritt

维护人员:尼古拉·拉Zabet < n.r。在gen.cam.ac.uk zabet >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DMRcaller”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DMRcaller”)

PDF	R脚本	DMRcaller
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DNAMethylation,DifferentialMethylation,测序,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),GenomicRanges,IRanges,S4Vectors
进口	平行,Rcpp,RcppRoll,betareggrDevices图形,方法,属性,跑龙套
链接
建议	knitr,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DMRcaller_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	DMRcaller_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DMRcaller_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcaller
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DMRcaller
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMRcaller/
包下载报告	下载数据