desingle
doi：10.18129/b9.bioc.desingle
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅desingle。
用于检测单细胞RNA-seq数据中三种类型的差分表达的desingle
生物导体版本：3.9
desingle是用于单细胞RNA-seq（SCRNA-SEQ）数据的差分表达（DE）分析的R封装。它定义和检测两组单个细胞之间的3种差异表达基因，关于不同的表达状态（DES），差异表达丰度（DEA）和一般差异表达（DEG）。Desingle采用零泄漏的负二项式模型来估计真实和辍学零的比例，并定义和检测3种类型的DE基因。结果表明，Desingle的表现优于SCRNA-SEQ DE分析的现有方法，并且可以揭示不同类型的De基因，这些基因富含不同的生物学功能。
作者：Zhun miao
维护者：Zhun miao
引用（从r内，输入引用（“ desingle”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ desingle”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ desingle”）
| html | R脚本 | desingle |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 差异性，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.7（R-3.5）（1。5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | R（> = 3.4.0） |
| 进口 | 统计，矩阵（> = 1.2-14），大量的（> = 7.3-45），VGAM（> = 1.0-2），BBMLE（> = 1.0.18），gamlss（> = 4.4-0），麦克斯利克（> = 1.3-4），PSCL（> = 1.4.9），生物比较（> = 1.12.0） |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，Singlecellexperiment |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://miaozhun.github.io/desingle/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | desingle_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | desingle_1.4.0.zip（32-和64位） |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | desingle_1.4.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/desingle |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/desingle |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/desingle/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
