文案

DOI:10.18129 / B9.bioc.CopywriteR

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见文案

使用脱靶读取从目标测序中复制编号信息

Bioconductor版本:3.9

文案利用脱靶读取从靶向测序中提取DNA拷贝数信息。它允许提取均匀分布的拷贝数信息,可以在不参考的情况下使用,并且可以应用于从各种技术获得的测序数据,包括染色质免疫沉淀和小基因板上的目标富集。因此,CopywriteR构成了一个广泛适用的替代可用的副本数检测工具。

作者:Thomas Kuilman

维护者:Oscar Krijgsman

引文(从R内,输入引用(文案)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CopywriteR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

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文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariation报道ExomeSeqImmunoOncology预处理软件TargetedResequencing可视化
版本 2.16.0
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(4.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.2),BiocParallel
进口 matrixStatsgtoolsdata.tableS4VectorschipseqIRangesRsamtoolsDNAcopyGenomicAlignmentsGenomicRangesCopyhelpeRGenomeInfoDbfutile.logger
链接
建议 BiocStyleSCLCBam
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/PeeperLab/CopywriteR
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CopywriteR_2.16.0.tar.gz
Windows二进制 CopywriteR_2.16.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) CopywriteR_2.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CopywriteR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CopywriteR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CopywriteR/
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Bioconductor

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网