CoGAPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoGAPS

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见CoGAPS．

模式集中的协调基因活动

Bioconductor版本:3.9

协同基因活动模式集(CoGAPS)实现了一种贝叶斯MCMC矩阵分解算法，gap，并将其与基因集统计方法联系起来，以推断生物过程活动。它可以对任何数据进行稀疏矩阵分解，当该数据代表生物分子时，可以进行基因集分析。

作者:Thomas Sherman, Wai-shing Lee, Conor Kelton, Ondrej Maxian, Jacob Carey, Genevieve Stein-O'Brien, Michael Considine, Maggie Wodicka, John Stansfield, Shawn Sivy, Carlo Colantuoni, Alexander Favorov, Mike Ochs, Elana Fertig

维护者:Elana J. Fertig ， Thomas D. Sherman

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CoGAPS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CoGAPS”)

超文本标记语言	R脚本	CoGAPS
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，聚类，DifferentialExpression，DimensionReduction，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，微阵列，MultipleComparison，RNASeq，软件，TimeCourse，转录
版本	3.4.1
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(9年)
许可证	GPL (= = 2)
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	BiocParallel，集群，data.table、方法、gplots，图形，grDevices，RColorBrewer，Rcpp，S4Vectors，SingleCellExperiment统计数据,SummarizedExperiment，工具，utils，rhdf5
链接	Rcpp
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	projectR
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CoGAPS_3.4.1.tar.gz
Windows二进制	CoGAPS_3.4.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CoGAPS_3.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoGAPS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CoGAPS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CoGAPS/
软件包下载报告	下载数据