这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPpeakAnno。
Bioconductor版本:3.9
包包含函数来检索在峰值序列,获得丰富基因本体论(去),找到最近的基因外显子,microrna的或自定义特性,比如大多数保守元素和其他转录因子结合位点由用户提供。2.0.5开始,添加了新的功能寻找峰值与双向启动子与汇总统计(peaksNearBDP),总结主题的发生在峰值(summarizePatternInPeaks)和添加其他IDs带注释的山峰或enrichedGO (addGeneIDs)。这个包利用biomaRt、IRanges Biostrings, BSgenome,走了。db,乘和统计包。
作者:丽华朱莉·朱Jianhong Ou,小君,Herve页,克劳德Gazin,内森·劳森瑞恩•汤普森大卫Lapointe西蒙•林和迈克尔·格林
维护人员:丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >, Jianhong Ou < Ou。jianhong gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“ChIPpeakAnno”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPpeakAnno”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ChIPpeakAnno”)
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参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,ChIPSeq,ChIPchip,软件 |
版本 | 3.18.2 |
Bioconductor自 | BioC 2.5 (r - 2.10)(10年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R(> = 3.2)、方法、网格,IRanges(> = 2.13.12),Biostrings(> = 2.47.6),GenomicRanges(> = 1.31.8),S4Vectors(> = 0.17.25),维恩图 |
进口 | BiocGenerics(> = 0.1.0),GO.db,biomaRt,BSgenome,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,matrixStats,AnnotationDbi,limma,乘,RBGL,图,BiocManager统计数据,地区,DBI,ensembldb,Biobase,seqinr,印尼盾,GenomicAlignments,DelayedArray,SummarizedExperiment,rtracklayer,Rsamtools |
链接 | |
建议 | reactome.db,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,org.Ce.eg.db,org.Hs.eg.db,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,EnsDb.Hsapiens.v75,EnsDb.Hsapiens.v79,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,gplots,BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,trackViewer,motifStack,OrganismDbi |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | REDseq,火神 |
进口我 | ATACseqQC,DChIPRep,DEScan2,FunciSNP,GUIDEseq,REDseq |
建议我 | chipseqDB,R3CPET,RIPSeeker,seqsetvis |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | ChIPpeakAnno_3.18.2.tar.gz |
Windows二进制 | ChIPpeakAnno_3.18.2.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | ChIPpeakAnno_3.18.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPpeakAnno |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPpeakAnno |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPpeakAnno/ |
包下载报告 | 下载数据 |