ChIPXpress

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPXpress

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPXpress。

ChIPXpress:增强目标基因转录因子识别从ChIP-seq ChIP-chip使用公开的基因表达谱数据

Bioconductor版本:3.9

ChIPXpress采取作为输入预测ChIPx TF结合基因数据和使用相应的基因表达谱数据库从NCBI地理下载排名TF绑定目标的基因最有可能功能特遣部队的目标。

作者:乔治·吴

维护人员:乔治·吴< georgetwu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPXpress”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ChIPXpress”)

PDF	R脚本	ChIPXpress
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,ChIPchip,软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(7年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.10),ChIPXpressData
进口	Biobase,GEOquery,frma,affy,bigmemory,biganalytics
链接
建议	mouse4302frmavecs,mouse4302.db,mouse4302cdf,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPXpress_1.28.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ChIPXpress_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPXpress
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPXpress
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPXpress/
包下载报告	下载数据