冠军

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChAMP

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅冠军。

甲基化芯片分析管道Illumina公司HumanMethylation450和史诗

Bioconductor版本:3.9

军售计划包括质量控制指标,选择归一化方法和新方法来识别差异甲基化区域和突出拷贝数变化。

作者:元田(cre, aut),蒂芙尼莫里斯(施),李·斯特灵(施),安德鲁2月[所有],安德鲁Teschendorff[所有],Ankur Chakravarthy(施)

维护人员:元田< champ450k gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“冠军”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“冠军”)

HTML	R脚本	冠军:芯片分析甲基化管道
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumber,DNAMethylation,MethylationArray,微阵列,归一化,软件,TwoChannel
版本	2.14.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3),minfi,ChAMPdata(> = 2.6.0),有限元法(> = 3.1),DMRcate,Illumina450ProbeVariants.db,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest
进口	prettydoc,Hmisc,globaltest,股东价值分析,illuminaio,rmarkdown,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,limma,RPMM,DNAcopy,preprocessCore,嫁祸于,marray,西瓜,plyr,goseq,missMethyl,kpmt,GenomicRanges,qvalue,isva,doParallel,bumphunter,quadprog,闪亮的,shinythemes,情节(> = 4.5.6),RColorBrewer,dendextend,matrixStats,combinat
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChAMP_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	ChAMP_2.14.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ChAMP_2.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChAMP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/冠军
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChAMP/
包下载报告	下载数据