CSAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CSAR

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CSAR

ChIP-seq数据的分析统计工具

Bioconductor版本:3.9

ChIP-seq数据分析的统计工具。包包括统计方法描述的考夫曼et al。(2009)《公共科学图书馆·生物学:7 (4):e1000090。短暂,平均DNA片段的大小进行排序,软件计算基因组单核苷酸read-enrichment值。正常化后,使用一个测试样本和控制比较基于泊松分布。检验统计量阈值来控制错误发现率是通过随机排列。

作者:Jose M Muino

维修工:Jose M Muino <何塞。在live.com muino >

从内部引用(R,回车引用(CSAR)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(CSAR)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (CSAR)

PDF R脚本 CSAR装饰图案
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq,遗传学,软件,转录
版本 1.36.0
Bioconductor自 BioC 2.6 (r - 2.11)(9.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 2.15.0),S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges
进口 统计,跑龙套
链接
建议 ShortRead,Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我 NarrowPeaks
建议我 NarrowPeaks
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 CSAR_1.36.0.tar.gz
Windows二进制 CSAR_1.36.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) CSAR_1.36.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CSAR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CSAR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CSAR/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网