CRISPRseek

DOI:10.18129 / B9.bioc.CRISPRseek

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见CRISPRseek．

CRISPR-Cas9基因组编辑系统中靶向导向rna的设计

Bioconductor版本:3.9

该软件包包括为输入目标序列寻找潜在的引导rna，可选地过滤没有限制性内切酶切割位点的引导rna，或没有配对的引导rna，全基因组搜索脱靶，评分，排序，获取侧翼序列，并指示目标和脱靶是否位于外显子区域。潜在的引导rna用top5和topN脱靶总分、详细的topN错配位点、限制性内切酶切割位点和配对的引导rna进行标注。这个包利用Biostrings和BSgenome包。

作者:朱丽华朱丽华，Benjamin R. Holmes, Hervé Pagès, Michael Lawrence, Isana Veksler-Lublinsky, Victor Ambros, Neil Aronin和Michael Brodsky

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。在umassmed.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CRISPRseek")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CRISPRseek”)

PDF	R脚本	CRISPRseek装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR，GeneRegulation，ImmunoOncology，SequenceMatching，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(5.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0.1)，BiocGenerics，Biostrings
进口	平行,data.table，seqinr，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges，BSgenome，BiocParallel，哈希
链接
建议	RUnit，BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	crisprseekplus
进口我	GUIDEseq
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CRISPRseek_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	CRISPRseek_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CRISPRseek_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CRISPRseek
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CRISPRseek
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CRISPRseek/
软件包下载报告	下载数据