食典委

DOI:10.18129 / B9.bioc.CODEX

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见食典委．

外显子组全序列归一化和拷贝数变异检测方法

Bioconductor版本:3.9

全外显子组DNA测序数据归一化和拷贝数变异调用程序。CODEX依赖于使用同一测序管道进行标准化处理的多个样品的可用性，不需要匹配的对照。CODEX中的规范化模型包括专门消除GC含量、外显子长度、靶向和扩增效率以及潜在系统伪影造成的偏差的术语。CODEX还包括基于泊松似然的递归分割过程，明确地对基于计数的外显子组测序数据建模。

作者:蒋宇超，张楠

维护人员:Yuchao Jiang

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CODEX")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“法典”)

PDF	R脚本	使用食品
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，ExomeSeq，ImmunoOncology，归一化，质量控制，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.2.3)，Rsamtools，GenomeInfoDb，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，IRanges，Biostrings，S4Vectors
进口
链接
建议	WES.1KG.WUGSC
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	iCNV
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CODEX_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	CODEX_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CODEX_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CODEX
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CODEX
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CODEX/
软件包下载报告	下载数据