cnvpanelizer

doi：10.18129/b9.bioc.cnvpanelizer

该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅cnvpanelizer。

目标测序应用中可靠的CNV检测

生物导体版本：3.9

一种允许使用非匹配的正常组织样品的方法。我们的方法使用可用参考样品的非参数引导子采样来估计目标测序中读数的分布。受随机森林的启发，它与一个相结合的程序结合了与每个靶向基因相关的扩增子。获得的信息使我们能够在基因水平上可靠地对拷贝数畸变进行分类。

作者：Cristiano Oliveira [Aut]，Thomas Wolf [Aut，Cre]，Albrecht Stenzinger [CTB]，Volker Endris [CTB]，Nicole Pfarr [CTB]，Benedikt Brors [THS]，Wilko Weichert [THS [THS]

维护者：thomas wolf

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cnvpanelizer”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ cnvpanelizer”）

PDF	R脚本	cnvpanelizer
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	分类，，，，库务，，，，覆盖范围，，，，正常化，，，，测序，，，，软件
版本	1.16.0
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（4年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.2.0），基因组机
进口	S4VECTORS，grdevices，统计，utils，Noingsq，，，，iranges，，，，rsamtools，，，，外观复制，，，，foreach，，，，GGPLOT2，，，，plyr，，，，GenomeInfodB，，，，GPLOTS，，，，RESHAPE2，，，，Stringr，，，，测试，图形，方法，闪亮的，，，，光泽，，，，Shinyjs， 网格，OpenXLSX
链接
建议	尼特，，，，运行，，，，生物基因
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cnvpanelizer_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	cnvpanelizer_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	cnvpanelizer_1.16.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cnvpanelizer
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cnvpanelizer
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/cnvpanelizer/
软件包下载报告	下载统计