Cemitool

doi:10.18129/b9.bioc.cemitool

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Cemitool

共表达模块标识工具

生物导体版本:3.9

Cemitool软件包以全自动的方式统一了共表达基因模块的发现和分析,同时为用户友好的HTML报告提供了高质量的图表。我们的工具评估模块是否包含特定途径过多代表或在特定样本组中改变的基因。此外,Cemitool能够将转录组数据与Interactome信息集成在一起,从而识别每个网络上的潜在集线器。

作者:Pedro Russo [aut],Gustavo Ferreira [aut],MatheusBürger[aut],Lucas Cardozo [aut],Diogenens Lima [aut],Thiago Hirata [aut],Melissa Lever [aut]这是给予的

维护者:usp.br>的Helder Nakaya

引用(从r内,输入引用(“ Cemitool”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ cemitool”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Cemitool”)

html R脚本 Cemitool:共表达模块标识工具
PDF 参考手册

细节

生物浏览 基因表达,,,,GraphandNetwork,,,,免疫学,,,,网络,,,,NetworkEnrichment,,,,途径,,,,rnaseq,,,,软件,,,,转录组学,,,,Mrnamicroarray
版本 1.8.3
在生物导体中 Bioc 3.6(R-3.4)(2年)
执照 GPL-3
要看 R(> = 3.5)
进口 方法,,,,,Grbase,,,,dplyr,,,,Data.Table(> = 1.9.4),WGCNA, 网格,GGPLOT2,,,,GGPMISC,,,,ggthemes,,,,Ggrepel,,,,sna,,,,clusterProfiler,,,,fgsea,,,,Stringr,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,Igraph,,,,DT,,,,htmltools,,,,pracma,,,,间图,grdevices,utils,网络,,,,矩阵,,,,ggdendro,,,,栅格,,,,gtable,,,,Geneoverlap,,,,林玛,,,,花花公子,,,,plyr,,,,ff,,,,ffbase,,,,rcolorbrewer
链接
建议 测试,,,,生物管理器
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 cemitool_1.8.3.tar.gz
Windows二进制 cemitool_1.8.3.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) cemitool_1.8.3.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cemitool
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/cemitool
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/cemitool/
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