该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Cemitool。
生物导体版本:3.9
Cemitool软件包以全自动的方式统一了共表达基因模块的发现和分析,同时为用户友好的HTML报告提供了高质量的图表。我们的工具评估模块是否包含特定途径过多代表或在特定样本组中改变的基因。此外,Cemitool能够将转录组数据与Interactome信息集成在一起,从而识别每个网络上的潜在集线器。
作者:Pedro Russo [aut],Gustavo Ferreira [aut],MatheusBürger[aut],Lucas Cardozo [aut],Diogenens Lima [aut],Thiago Hirata [aut],Melissa Lever [aut]这是给予的
维护者:usp.br>的Helder Nakaya
引用(从r内,输入引用(“ Cemitool”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ cemitool”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Cemitool”)
html | R脚本 | Cemitool:共表达模块标识工具 |
参考手册 |
生物浏览 | 基因表达,,,,GraphandNetwork,,,,免疫学,,,,网络,,,,NetworkEnrichment,,,,途径,,,,rnaseq,,,,软件,,,,转录组学,,,,Mrnamicroarray |
版本 | 1.8.3 |
在生物导体中 | Bioc 3.6(R-3.4)(2年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | R(> = 3.5) |
进口 | 方法,秤,,,,Grbase,,,,dplyr,,,,Data.Table(> = 1.9.4),WGCNA, 网格,GGPLOT2,,,,GGPMISC,,,,ggthemes,,,,Ggrepel,,,,sna,,,,clusterProfiler,,,,fgsea,,,,Stringr,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,Igraph,,,,DT,,,,htmltools,,,,pracma,,,,间图,grdevices,utils,网络,,,,矩阵,,,,ggdendro,,,,栅格,,,,gtable,,,,Geneoverlap,,,,林玛,,,,花花公子,,,,plyr,,,,ff,,,,ffbase,,,,rcolorbrewer |
链接 | |
建议 | 测试,,,,生物管理器 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | cemitool_1.8.3.tar.gz |
Windows二进制 | cemitool_1.8.3.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | cemitool_1.8.3.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cemitool |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/cemitool |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/cemitool/ |
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