Cagefightr

doi：10.18129/b9.bioc.cagefightr

该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅Cagefightr。

使用生物导体分析基因表达（CAGE）数据的CAP分析

生物导体版本：3.9

CAGE是一种用于测量转录起始位点（TSS）活性的广泛使用的高通量测定法。CageFightr是一种R/Bioconductor软件包，用于执行针对CAGE和5'-End数据的广泛常见数据分析任务。核心功能包括：用于TSS识别的CAGE TSS（CTSS），TAG（或单向）聚类，用于增强子识别的双向聚类，与转录和基因模型的注释，TSS和增强器表达的相关性，TSS形状的计算，TSS的计算，量化表达作为表达矩阵和基因组吹牛的可视化。

作者：Malte Thodberg

维护者：Malte Thodberg

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cagefightr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ CageFightr”）

html	R脚本	CageFightr简介
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，datarepresentation，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，Genomebrowsers，，，，正常化，，，，峰值探测，，，，预处理，，，，测序，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学，，，，可视化
版本	1.4.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（1。5年）
执照	GPL-3 +文件许可证
要看	r（> = 3.5），基因组机（> = 1.30.1），rtracklayer（> = 1.38.2），总结性特征（> = 1.8.1）
进口	普里尔（> = 0.1.3），断言（> = 0.2.0），方法，矩阵（> = 1.2-12），矩阵（> = 0.9.6），grr（> = 0.9.5），生物基因（> = 0.24.0），S4VECTORS（> = 0.16.0），iranges（> = 2.12.0），GenomeInfodB（> = 1.14.0），GenomicFeatures（> = 1.29.11），生物比较（> = 1.12.0），Genomicfiles（> = 1.14.0），GVIZ（> = 1.22.2），互动集（> = 1.9.4），基因组间（> = 1.15.1）
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，org.mm.eg.db，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9
系统要求
增强
URL	https://github.com/maltethodberg/cagefightr
BugReports	https://github.com/maltethodberg/cagefightr/issues
取决于我
进口我
建议我	CageWorkFlow，，，，纳米管
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cagefightr_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	cagefightr_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	cagefightr_1.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cagefightr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cagefightr
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/cagefightr/
软件包下载报告	下载统计