这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见BiocOncoTK.
Bioconductor版本:3.9
为癌症研究的基因组规模分析提供各种工具的中心接口。
作者:文斯·凯里
维护者:VJ Carey
引文(从R内,输入引用(“BiocOncoTK”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BiocOncoTK")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“BiocOncoTK”)
超文本标记语言 | R脚本 | BiocOncoTK—Bioconductor面向癌症的组件 |
参考手册 |
biocViews | CopyNumberVariation,CpGIsland,DNAMethylation,GeneExpression,GeneticVariability,ImmunoOncology,单核苷酸多态性,软件,转录 |
版本 | 1.4.0 |
在Bioconductor | BioC 3.7 (R-3.5)(1.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 3.5.0),方法 |
进口 | ComplexHeatmap,S4Vectors,bigrquery,闪亮的统计数据,httr,rjson,dplyr,magrittr,网格,utils,DT,GenomicRanges,IRanges,ggplot2,SummarizedExperiment,DBI,GenomicFeatures |
链接 | |
建议 | knitr,dbplyr,DBI,org.Hs.eg.db,MultiAssayExperiment,BiocStyle,ontoProc,ontologyPlot,pogo,GenomeInfoDb,restfulSE(> = 1.3.7),BiocFileCache,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,Biobase,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,reshape2,testthat,AnnotationDbi,FDb.InfiniumMethylation.hg19,EnsDb.Hsapiens.v75 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | BiocOncoTK_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | BiocOncoTK_1.4.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | BiocOncoTK_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocOncoTK |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocOncoTK |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BiocOncoTK/ |
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