BiocNeighbors

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocNeighbors

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见BiocNeighbors．

生物导体封装的最近邻检测

Bioconductor版本:3.9

在一个框架中实现精确和近似的最近邻检测方法，允许它们在Bioconductor包或工作流中轻松切换。精确搜索可以使用k-means for k-nearest neighbors算法或有利点树来执行。近似搜索可以使用Annoy或HNSW库执行。支持在欧几里得距离或曼哈顿距离上搜索。通过使用BiocParallel实现了所有方法的并行化。还提供了函数来搜索给定距离内的所有邻居。

作者:Aaron Lun [aut, cre, cph]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("BiocNeighbors")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BiocNeighbors”)

超文本标记语言	R脚本	1.检测精确的最近邻居
超文本标记语言	R脚本	2.检测近似最近邻居
超文本标记语言	R脚本	3.探测范围内的邻居
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Rcpp，BiocGenerics，S4Vectors，BiocParallel、统计数据、方法
链接	Rcpp，RcppAnnoy，RcppHNSW
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，模糊神经网络，RcppAnnoy，RcppHNSW
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我
进口我	后面;，CellMixS，cydar，嘘，食物
建议我	simpleSingleCell
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BiocNeighbors_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	BiocNeighbors_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BiocNeighbors_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocNeighbors
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocNeighbors
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocNeighbors/
软件包下载报告	下载数据