BiSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiSeq

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BiSeq。

处理和分析酸性亚硫酸盐测序数据

Bioconductor版本:3.9

BiSeq包提供有用的类和函数来处理和分析目标重亚硫酸盐测序(BS)数据如reduced-representation重亚硫酸盐测序(rrb)数据。特别是,它实现了一个算法来检测差异甲基化区域(dmr)。包已经对齐BS数据从一个或多个样本。

作者:卡佳Hebestreit,汉斯克莱因

维护人员:卡佳Hebestreit < katjah stanford.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BiSeq”)

PDF	R脚本	介绍BiSeq
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation,遗传学,MethylSeq,测序,软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(6.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(> = 2.15.2)、方法S4Vectors,IRanges(> = 1.17.24),GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 0.2.0),公式
进口	方法,BiocGenerics,Biobase,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,SummarizedExperiment,rtracklayer平行,betareg,lokern,公式,globaltest
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	RRBSdata
进口我	M3D
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BiSeq_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	BiSeq_1.24.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	BiSeq_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiSeq/
包下载报告	下载数据