Basic4Cseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.Basic4Cseq

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Basic4Cseq。

Basic4Cseq: R / Bioconductor包4 c-seq数据进行分析

Bioconductor版本:3.9

Basic4Cseq是基本的R / Bioconductor包过滤、分析和后续4 c-seq数据的可视化。虚拟片段库可以创建任何BSGenome包,和过滤函数读取和碎片和基本的质量控制都包括在内。附近的片段数据实验的观点可以被可视化为覆盖图基于多尺度方法和中值运行联系资料。

作者:卡罗琳沃尔特

维修工:卡罗琳沃尔特<卡罗琳。沃尔特在uni-muenster.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Basic4Cseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Basic4Cseq”)

PDF	R脚本	Basic4Cseq: R / Bioconductor包4 c-seq数据分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,ImmunoOncology,质量控制,RNASeq,SequenceMatching,测序,软件,可视化
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(5.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.4),Biostrings,GenomicAlignments,caTools,GenomicRanges、grDevices图形、属性、跑龙套
进口	方法,RCircos,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Basic4Cseq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	Basic4Cseq_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	Basic4Cseq_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Basic4Cseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Basic4Cseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Basic4Cseq/
包下载报告	下载数据