BUScorrect

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUScorrect

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BUScorrect。

批处理影响校正与未知的亚型

Bioconductor版本:3.9

高通量实验数据积累指数在公共数据库。然而,从这些丰富的资源挖掘有效的科学发现是受到技术工件和固有的生物学异质性。前者通常称为“批处理效果,而后者往往是模仿的“类型”。The R package BUScorrect fits a Bayesian hierarchical model, the Batch-effects-correction-with-Unknown-Subtypes model (BUS), to correct batch effects in the presence of unknown subtypes. BUS is capable of (a) correcting batch effects explicitly, (b) grouping samples that share similar characteristics into subtypes, (c) identifying features that distinguish subtypes, and (d) enjoying a linear-order computation complexity.

作者:象屿罗< xyluo1991 gmail.com >,迎迎魏< yweicuhk gmail.com >

维护人员:象屿罗< xyluo1991 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BUScorrect”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BUScorrect”)

PDF	R脚本	BUScorrect_user_guide
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,贝叶斯,聚类,FeatureExtraction,GeneExpression,软件,StatisticalMethod
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(1年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	gplots、方法、grDevices统计,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle,knitr,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BUScorrect_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	BUScorrect_1.2.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	BUScorrect_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUScorrect
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BUScorrect
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BUScorrect/
包下载报告	下载数据