BUMHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUMHMM

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BUMHMM．

从结构探测实验数据计算修改概率的计算管道

Bioconductor版本:3.9

这是一个概率建模管道，用于从结构探测实验中收集的数据计算每个核苷酸修饰的后验概率。该模型支持多次实验复制，并从经验上纠正了与覆盖率和序列相关的偏差。该模型利用每个核苷酸的“脱落率”的度量，通过对数比(LDR)在复制之间进行比较。对照重复之间的ldr定义了偶然性观察到的掉线率可变性的空分布，并将处理和对照重复之间的ldr与此分布进行比较。由此产生的经验p值(从零分布“抽取”的概率)被用作隐马尔可夫模型的观测值，贝塔均匀混合模型被用作发射模型。由此产生的后验概率表示核苷酸在结构探测实验中被修饰的概率。

作者:Alina Selega (alina.selega@gmail.com)， Sander Granneman, Guido Sanguinetti

维护者:Alina Selega < Alina。Selega在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BUMHMM")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“BUMHMM”)

PDF	R脚本	介绍BUMHMM管道
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，分类，报道，FeatureExtraction，GeneExpression，GeneRegulation，GeneticVariability，遗传学，HiddenMarkovModel，ImmunoOncology，RNASeq，回归，测序，软件，StructuralPrediction，转录，转录组
版本	1.8.0
在Bioconductor公司	BioC 3.5 (R-3.4)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)
进口	devtools，stringi，gtools， stats, utils，SummarizedExperiment，Biostrings，IRanges
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	BUMHMM_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	BUMHMM_1.8.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BUMHMM_1.8.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/BUMHMM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BUMHMM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BUMHMM/
软件包下载报告	下载数据