AssessORF

DOI:10.18129 / B9.bioc.AssessORF

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见AssessORF．

利用蛋白质组学和进化保护评估基因预测

Bioconductor版本:3.9

为了评估基因组的一组预测基因的质量，必须首先将证据映射到该基因组。接下来，每个基因必须根据支持或反对该基因的证据有多强来分类。AssessORF包提供完成这些任务所必需的功能和类结构，使用蛋白质组命中和进化保守的开始密码子作为证据形式。

作者:Deepank Korandla [aut, cre]， Erik Wright [aut]

维护者:Deepank Korandla

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“AssessORF”)

PDF	R脚本	使用AssessORF
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文本		新闻

细节

biocViews	ComparativeGenomics，GenePrediction，遗传学，GenomeAnnotation，蛋白质组学，质量控制，软件，可视化
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，解读(> = 2.10.0)
进口	Biostrings，GenomicRanges，IRanges，图形，grDevices，方法，统计，utils
链接
建议	AssessORFData，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	AssessORFData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	AssessORF_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	AssessORF_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	AssessORF_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AssessORF
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AssessORF
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AssessORF/
软件包下载报告	下载数据