ArrayExpressHTS

DOI:10.18129 / B9.bioc.ArrayExpressHTS

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见ArrayExpressHTS．

ArrayExpress高通量测序处理流水线

Bioconductor版本:3.9

用于公共ArrayExpress实验或本地数据集的RNA-Seq处理管道

作者:Angela Goncalves, Andrew Tikhonov

维护者:Angela Goncalves

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ArrayExpressHTS”)

PDF	R脚本	ArrayExpressHTS: RNA-Seq管道转录分析实验
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.34.2
在Bioconductor	BioC 2.8 (R-2.13)(8.5年)
许可证	艺术许可2.0
取决于	抽样，Rsamtools(> = 1.99.0),雪
进口	Biobase，BiocGenerics，Biostrings，DESeq，GenomicRanges，Hmisc，IRanges(> = 2.13.11),R2HTML，RColorBrewer，Rsamtools，ShortRead，XML，biomaRt，刨边机， grDevices，图形，方法，rJava统计数据,svMisc跑龙套,sendmailR，bitops
链接	Rhtslib(> = 1.15.3)
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ArrayExpressHTS_1.34.2.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ArrayExpressHTS_1.34.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ArrayExpressHTS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ArrayExpressHTS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ArrayExpressHTS/
软件包下载报告	下载数据