AneuFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.AneuFinder

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见AneuFinder

单细胞测序数据拷贝数变异分析

Bioconductor版本:3.9

AneuFinder实现了单细胞全基因组测序和链序列数据的拷贝数检测、断点检测、核型和异质性分析功能。

作者:Aaron Taudt, Bjorn Bakker, David Porubsky

维护者:Aaron Taudt < Aaron。Taudt在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“AneuFinder”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("AneuFinder")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“AneuFinder”)

PDF R脚本 快速介绍AneuFinder
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariationGenomicVariationHiddenMarkovModelImmunoOncology测序SingleCell软件WholeGenome
版本 1.12.1
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(3.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5),GenomicRangesggplot2cowplotAneuFinderData
进口 方法,utils, grDevices,图形,统计,foreachdoParallelS4VectorsGenomeInfoDbIRangesRsamtoolsbamsignalsDNAcopyecpBiostringsGenomicAlignmentsreshape2ggdendroggrepelReorderClustermclust
链接
建议 knitrBiocStyletestthatBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ataudt/aneufinder.git
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 AneuFinder_1.12.1.tar.gz
Windows二进制 AneuFinder_1.12.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) AneuFinder_1.12.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AneuFinder
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AneuFinder
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/AneuFinder/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网