atacseqqc
doi：10.18129/b9.bioc.atacseqqc
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅atacseqqc。
ATAC-SEQ质量控制
生物导体版本：3.9
ATAC-SEQ是一种使用测序的转座酶可访问染色质的测定，是一种快速且灵敏的方法，用于染色质访问性分析。它是作为mnase-seq，faire-seq和dnase-seq的替代方法开发的。与其他方法相比，ATAC-SEQ需要更少的生物样品和处理时间。在分析实验室中生产的几个ATAC-SEQ数据集的过程中，我们了解了ATAC-SEQ数据质量评估的一些独特方面，以帮助用户快速评估他们的ATAC-SEQ实验是否成功，我们开发了ATACSEQQCC。遵循自然方法2013年发表的指南（Greenleaf等人）的一部分包装，包括碎片尺寸分布的诊断图，线粒体读取的比例，核小体定位模式以及CTCF或其他转录因子足迹。
作者：Jianhong OU，Haibo Liu，Feng Yan，Jun Yu，Michelle Kelliher，Lucio Castilla，Nathan Lawson，Lihua Julie julie Zhu
维护者：jianhong ou
引用（从r内，输入引用（“ atacseqqc”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ atacseqqc”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ atacseqqc”）
| html | R脚本 | atacseqqc插图 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | Atacseq，，，，覆盖范围，，，，dnaseq，，，，结肠管制，，，，免疫学，，，，核粉置换，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.8.5 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.5（R-3.4）（2。5年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.4），生物基因，，，，S4VECTORS |
| 进口 | BSGENOME，，，，生物弦，，，，Chippeakanno，，，，iranges，，，，基因组机，，，，基因组签名，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicsCores，图形，网格，林玛，，，，rsamtools（> = 1.31.2），Randomforest，，，，rtracklayer，统计Motifstack，，，，PRESEQR，utils，克恩斯门茶，，，，EDGER |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，phastcons100way.ucsc.hg19，，，，主题，，，，TrackViewer，，，，测试 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | NADFINDER |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | atacseqqc_1.8.5.5.tar.gz |
| Windows二进制 | atacseqqc_1.8.5.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | atacseqqc_1.8.5.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/atacseqqc |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/atacseqcc |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/atacseqqc/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
