AnnotationHub

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationHub

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AnnotationHub。

客户端访问AnnotationHub资源

Bioconductor版本:3.9

这个包提供了一个客户Bioconductor AnnotationHub web资源。基因组AnnotationHub web资源提供了一个中央位置的文件(例如,VCF、床、假发)和其他资源从标准位置(例如,UCSC的运用)可以被发现。资源包括关于每个资源的元数据,例如,文本描述,标签,和修改日期。客户端创建并管理一个本地缓存文件检索的用户,帮助快速和可再生的访问。

作者:马丁•摩根(cre)马克·卡尔森(施),丹特南鲍姆(施),Sonali Arora[所有],Lori牧羊人(施)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AnnotationHub”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AnnotationHub”)

HTML	R脚本	AnnotationHub: AnnotationHub Web服务的访问
HTML	R脚本	AnnotationHub: AnnotationHub如何
HTML		AnnotationHub:创建一个AnnotationHub包
HTML	R脚本	故障诊断的中心
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GUI,基础设施,软件,ThirdPartyClient
版本	2.16.1
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.15.10),BiocFileCache(> = 1.5.1)
进口	grDevices跑龙套、方法,RSQLite,BiocManager,旋度,rappdirs,AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4Vectors,interactiveDisplayBase,httr,yaml,dplyr
链接
建议	IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb,VariantAnnotation,Rsamtools,rtracklayer,BiocStyle,knitr,AnnotationForge,rBiopaxParser,RUnit,GenomicFeatures,MSnbase,mzR,Biostrings,SummarizedExperiment,ExperimentHub,gdsfmt
SystemRequirements
增强了	AnnotationHubData
URL
取决于我	adductomicsR,allenpvc,注释,AnnotationHubData,curatedMetagenomicData,EuPathDB,ExperimentHub,hipathia,ipdDb,MetaGxBreast,MetaGxOvarian,MetaGxPancreas,NestLink,ProteomicsAnnotationHubData,RefNet,测序,sesameData
进口我	adductData,alpineData,alternativeSplicingEvents.hg19,alternativeSplicingEvents.hg38,annotatr,chipseqDBData,curatedTCGAData,dmrseq,ENCODExplorer,ENmix,GenomicScores,grasp2db,GSEABenchmarkeR,HCAData,HMP16SData,mcsurvdata,PathwaySplice,psichomics,pwOmics,REMP,restfulSE,scmeth,scTensor,TCGAWorkflow,TENxBrainData,TENxPBMCData,TSRchitect,Ularcirc
建议我	AHEnsDbs,BgeeCall,芝加哥,CINdex,clusterProfiler,CNVRanger,可可,DNAshapeR,dupRadar,ENCODExplorerData,ensembldb,epiNEM,epivizrChart,epivizrData,GenomicRanges,GOSemSim,gwascat,HarmonizedTCGAData,微波激射器,米拉,MSnbase,OrganismDbi,Pbase,VariantAnnotation
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AnnotationHub_2.16.1.tar.gz
Windows二进制	AnnotationHub_2.16.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	AnnotationHub_2.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHub
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AnnotationHub
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationHub/
包下载报告	下载数据