xcms

DOI:10.18129 / B9.bioc.xcms

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见xcms．

LC/MS和GC/MS数据分析

Bioconductor版本:3.8

色谱分离和单谱质谱数据的处理和可视化框架。从AIA/ANDI NetCDF、mzXML、mzData和mzML文件导入。对高通量、非目标分析物分析的数据进行预处理。

作者:Colin A. Smith ， Ralf Tautenhahn ， Steffen Neumann ， Paul Benton ， Christopher Conley ， Johannes Rainer

维护者:Steffen Neumann

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("xcms")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“xcms”)

超文本标记语言	R脚本	用xcms对FTICR-MS数据进行分组
超文本标记语言	R脚本	利用xcms对LCMS数据进行预处理和分析
超文本标记语言	R脚本	xcms中新的和修改的功能
超文本标记语言	R脚本	用xcms处理Tandem-MS和MSn数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ImmunoOncology，MassSpectrometry，代谢组学，软件
版本	3.4.4
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 14年)
许可证	GPL(>= 2) +文件许可
取决于	R(>= 2.14.0)，方法，Biobase，BiocParallel(> = 1.8.0),MSnbase(> = 2.7.8)
进口	mzR(> = 2.13.1),BiocGenerics，ProtGenerics，晶格，RColorBrewer，plyr，RANN，乘，MassSpecWavelet(> = 1.5.2),S4Vectors，robustbase
链接
建议	BiocStyle，caTools，knitr(> = 1.1.0版),faahKO，msdata，ncdf4，rgl，微基准测试，testthat，老鸨，magrittr，MALDIquant
SystemRequirements
增强了	Rgraphviz，Rmpi，XML
URL	http://metlin.scripps.edu/download/而且https://github.com/sneumann/xcms
BugReports	https://github.com/sneumann/xcms/issues/new
全靠我	相机，faahKO，flagme，首次公开募股，LOBSTAHS，金属底座，metaMS，proFIA，PtH2O2lipids
进口我	相机，cosmiq，MAIT，Risa
建议我	MassSpecWavelet，msdata，msPurity，mtbls2，RforProteomics，RMassBank
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	xcms_3.4.4.tar.gz
Windows二进制	xcms_3.4.4.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	xcms_3.4.4.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcms
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/xcms
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/xcms/
软件包下载报告	下载数据