recountWorkflow

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见recountWorkflow．

详细描述工作流程:使用Bioconductor访问超过70,000个人类RNA-seq样本

Bioconductor版本:3.8

该资源由超过70,000个统一处理的人类RNA-seq样本组成，涵盖TCGA和SRA，包括GTEx。处理后的数据可以通过reconnect网站和reconnect Bioconductor包访问。该工作流详细解释了如何使用重新计数包，以及如何将其与其他Bioconductor包集成，以进行可以使用重新计数2资源进行的几种分析。特别地，我们描述了覆盖率计数矩阵是如何在recret2中计算的，以及获得公共元数据的不同方法，这可以促进下游分析。逐步说明如何进行基因水平差异表达分析，可视化基本水平基因组覆盖数据，并在多个特征水平上执行分析。因此，该工作流提供了进一步的信息，以理解在recret2中的数据，并提供了使用该数据的R代码概要。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]， Abhinav Nellore [ctb]， Andrew E. Jaffe [ctb]

维护者:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“recountWorkflow”)

超文本标记语言	R脚本	详细描述工作流程:使用Bioconductor访问超过70,000个人类RNA-seq样本
文本		新闻

细节

biocViews	ResourceQueryingWorkflow，工作流
版本	1.4.2
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	重新计票(> = 1.2.3),GenomicRanges，limma，刨边机，DESeq2，regionReport(> = 1.11.2),clusterProfiler(> = 3.5.5),org.Hs.eg.db(> = 3.4.1),gplots，derfinder，rtracklayer(> = 1.36.4),GenomicFeatures，bumphunter(> = 1.17.2),derfinderPlot
链接
建议	BiocStyle(> = 2.5.19),BiocWorkflowTools，knitr，sessioninfo，rmarkdown，knitcitations
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/recountWorkflow
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/recountWorkflow/
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	recountWorkflow_1.4.2.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recountWorkflow
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ recretworkflow
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/recountWorkflow/
软件包下载报告	下载数据