seqc

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqc

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见seqc．

SEQC (MAQC-III)研究生成的RNA-seq数据

Bioconductor版本:3.8

SEQC/MAQC-III联盟已经为RNA测序技术和数据分析方法的评估提供了基准RNA-seq数据(Nat biotechnology, 2014)。从十个不同的测序位点产生了数十亿的序列读取。这个包包含了大约2000个测序库的汇总读计数数据。它还包括从研究中发现的所有外显子-外显子连接。1000个基因的TaqMan RT-PCR数据和ERCC峰值序列数据也包含在这个包中。

作者:廖阳、史伟(Gordon K Smyth、Steve Lianoglou)。

维护人员:Yang Liao < Liao at wehi.edu.au>和Wei Shi < Shi at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager" BiocManager::install("seqc")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“seqc”)

PDF	R脚本	SEQC装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，RNASeqData，SequencingData，qPCRData
版本	1.16.0
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 2.10)
进口	跑龙套,Biobase
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/data/experiment/html/seqc.html
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	seqc_1.16.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqc
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/seqc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqc/
软件包下载报告	下载数据