hgu133plus2CellScore

DOI:10.18129 / B9.bioc.hgu133plus2CellScore

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅hgu133plus2CellScore。

CellScore标准细胞表达数据集[hgu133plus2]

Bioconductor版本:3.8

CellScore标准数据集包含表达数据从各种各样的人类细胞和组织,应作为标准CellScore计算细胞类型。所有数据从公共数据库如基因表达综合策划(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)或ArrayExpress (https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/)。这个标准数据集只包含数据从Affymetrix GeneChip人类基因组U133 + 2.0微阵列。样品是手工注释使用数据库信息或咨询的出版物的数据集的起源。样例注释存储在phenoData expressionSet对象的位置。原始数据(玻璃纸文件)处理affy包生成存在/没有调用(mas5calls)和background-subtracted值,然后归一化的R-package yugene产生最终的表达式值标准表达式矩阵。的注释表微阵列从BioC注释包hgu133plus2检索。所有数据都存储在一个expressionSet对象。

作者:南希Mah,怀中Taskova

维护人员:南希Mah < nancy.l。mah googlemail.com >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“hgu133plus2CellScore”)

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文档

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PDF	R脚本	R包:hgu133plus2CellScore
PDF		参考手册

细节

biocViews	ArrayExpress,ExperimentData,ExpressionData,地理,基因组,Homo_sapiens_Data,MicroarrayData
版本	1.2.0
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	Biobase(> = 2.39.1)
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	CellScore
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	hgu133plus2CellScore_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hgu133plus2CellScore
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ hgu133plus2CellScore
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hgu133plus2CellScore/
包下载报告	下载数据