curatedMetagenomicData

DOI:10.18129 / B9.bioc.curatedMetagenomicData

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见curatedMetagenomicData．

人类微生物组的宏基因组数据

Bioconductor版本:3.8

该metagenomicdata包提供了微生物分类，功能和基因标记丰度的样本收集从不同的遗体。

作者:Lucas Schiffer < Schiffer。Lucas在gmail.com>，Edoardo Pasolli , Levi Waldron , Faizan Malik , Nicola Segata , Valerie Obenchain , Morgan Martin

维护者:Lucas Schiffer < Schiffer。Lucas在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("curatedMetagenomicData")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“curatedMetagenomicData”)

超文本标记语言	R脚本	curatedMetagenomicData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，Homo_sapiens_Data，MicrobiomeData，ReproducibleResearch
版本	1.12.3
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4.0)，dplyr(> = 0.5.0),Biobase(> = 2.37.0),ExperimentHub1.3.0(> =版本),AnnotationHub(> = 2.9.0)
进口	跑龙套,tidyr，magrittr、方法、S4Vectors
链接
建议	BiocManager，devtools，roxygen2，testthat，covr，knitr，rmarkdown，BiocCheck，BiocStyle，BiocParallel，readr，RISmed，ggplot2，metagenomeSeq，phyloseq，猿
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/curatedMetagenomicData
BugReports	https://github.com/waldronlab/curatedMetagenomicData/issues
全靠我
进口我
建议我	HMP16SData，metavizr
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	curatedMetagenomicData_1.12.3.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedMetagenomicData
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/curatedMetagenomicData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/curatedMetagenomicData/
软件包下载报告	下载数据