这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38。
Bioconductor版本:3.8
SNP等位基因位置和智人从NCBI dbSNP建造149。源数据文件用于这个包是由NCBI 11月8 - 12之间,2016年,包含snp GRCh38映射到参考基因组。p7 (GRCh38的补丁版本,并不改变染色体22页,X, Y, MT)。注意,这些单核苷酸多态性可以在BSgenome.Hsapiens.NCBI“注入”。GRCh38或BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38。
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):
安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
参考手册 |
biocViews | AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens,SNPlocs |
版本 | 0.99.20 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | BSgenome(> = 1.43.4) |
进口 | 方法,跑龙套,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome |
链接 | |
建议 | Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38,MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38,MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38,MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.0.1.GRCh38,MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38,MafDb.TOPMed.freeze5.hg38 |
我的链接 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38_0.99.20.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38/ |
包下载报告 | 下载数据 |