SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37。

SNP地点智人(dbSNP构建142)

Bioconductor版本:3.8

SNP等位基因位置和智人从NCBI dbSNP建造142。源数据文件用于这个包是由NCBI 10月14日,2014年,包含snp GRCh37.p13映射到参考基因组。警告:请注意,GRCh37。p13基因组的补丁版本GRCh37但补丁并不改变染色体22页,X, Y,太GRCh37本身是一样的hg19从UCSC基因组* *除了线粒体染色体。因此,单核苷酸多态性在这个包可以在BSgenome.Hsapiens.UCSC“注入”。hg19在正确的位置,他们将土地但这注入排除chrM(即序列将被注入无关)。

作者:Herv \ ' e Pag \ ' es

维护人员:西蒙Coetzee <西蒙。coetzee cshs.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens
版本	0.99.5
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome(> = 1.25.6)
进口	方法,跑龙套,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome
链接
建议	Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked(> = 1.3.19)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	motifbreakR
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37_0.99.5.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37/
包下载报告	下载数据