这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37。
Bioconductor版本:3.8
SNP等位基因位置和智人从NCBI dbSNP建造142。源数据文件用于这个包是由NCBI 10月14日,2014年,包含snp GRCh37.p13映射到参考基因组。警告:请注意,GRCh37。p13基因组的补丁版本GRCh37但补丁并不改变染色体22页,X, Y,太GRCh37本身是一样的hg19从UCSC基因组* *除了线粒体染色体。因此,单核苷酸多态性在这个包可以在BSgenome.Hsapiens.UCSC“注入”。hg19在正确的位置,他们将土地但这注入排除chrM(即序列将被注入无关)。
作者:Herv \ ' e Pag \ ' es
维护人员:西蒙Coetzee <西蒙。coetzee cshs.org >
从内部引用(R,回车引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
参考手册 |
biocViews | AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens |
版本 | 0.99.5 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 2.10),IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome(> = 1.25.6) |
进口 | 方法,跑龙套,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome |
链接 | |
建议 | Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked(> = 1.3.19) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | motifbreakR |
我的链接 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37_0.99.5.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37/ |
包下载报告 | 下载数据 |