### R代码从vignette源代码'flipflop。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:自由 ################################################### 库(啪嗒啪嗒地响 ) ################################################### ### 代码块2号:数据 ################################################### 数据。文件< -执行文件。路径(“extdata”、“vignette-sam.txt”),包= '啪嗒啪嗒地响 ') ################################################### ### 代码块3号:estim ################################################### # 最小数量的集群读#考虑一群读基因(默认40):min.junc=10 #在正则化路径(默认10)中给定的最大异构形式数:max. read <- 50 #在正则化路径(默认10)中给定的最大异构形式数:max. read <- 50 #Iso <- 7ff。res < -啪嗒啪嗒地响(data.file =数据。文件,out.file = ' FlipFlop_output。gtf’,minReadNum = min。阅读,minJuncCount = min。接合,max_isoforms = max.iso ) ################################################### ### 代码块数量4:名字 ################################################### 名称(ff.res ) ################################################### ### 代码块5号:输出 ################################################### 记录< - ff。res$transcripts[[1]] abundancesFPKM <- ff。res abundancesFPKM美元[[1]]的预期。计数< - ff.res美元的预期。重要的[[1]](成绩单)打印(abundancesFPKM)打印(打印expected.counts ) ################################################### ### 代码块6号:annot ################################################### annot。文件< -执行文件。路径(“extdata”、“vignette-annot.bed.txt”),包= '啪嗒啪嗒地响 ') ################################################### ### 代码块7号:estim_annot ################################################### ff.res.annot < -啪嗒啪嗒地响(data.file =数据。文件,out.file = ' FlipFlop_output。gtf', annot.file=annot.file) ################################################### ### code chunk number 8: output_annot ################################################### transcripts.annot <- ff.res.annot$transcripts[[1]] print(transcripts.annot) ################################################### ### code chunk number 9: GenomicFeatures ################################################### if(require(GenomicFeatures)){ txdb <- makeTxDbFromGFF(file='FlipFlop_output.gtf', format='gtf') # List of exons for each transcript: exonsBy(txdb, by='tx') } ################################################### ### code chunk number 10: sessionInfo ################################################### sessionInfo()