### R代码来自Vignette源'tssi.rnw'###编码：UTF-8 ##################################################################################选项（encoding = .orig.enc）######################################################### ###代码块编号2：设置#########################################################，4.1，1.5））））################################################### ###代码块number 3: load_package ################################################### library(TSSi) ################################################### ### code chunk number 4: load_data ################################################### data(physcoCounts) head(physcoCounts) table(physcoCounts$chromosome, physcoCounts$strand) ################################################### ### code chunk number 5: segmentize ################################################### attach(physcoCounts) x <- segmentizeCounts(counts=counts, start=start, chr=chromosome, region=region, strand=strand) detach(physcoCounts) x ################################################### ### code chunk number 6: get_segments ################################################### segments(x) names(x) ################################################### ### code chunk number 7: get_reads ################################################### head(reads(x, 3)) head(start(x, 3)) head(start(x, names(x)[3])) ################################################### ### code chunk number 8: normalize_ratio ################################################### yRatio <- normalizeCounts(x) ################################################### ### code chunk number 9: normalize_fit ################################################### yFit <- normalizeCounts(x, fit=TRUE) yFit head(reads(yFit, 3)) ################################################### ### code chunk number 10: plot_normalize_fit ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() plot(yFit, 3) ################################################### ### code chunk number 11: identify ################################################### z <- identifyStartSites(yFit) z head(segments(z)) head(tss(z, 3)) head(reads(z, 3)) ################################################### ### code chunk number 12: plot_identify ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() plot(z, 3) ################################################### ### code chunk number 13: plot_custom ################################################### getOption("SweaveHooks")[["fig"]]() plot(z, 4, ratio=FALSE, threshold=FALSE, baseline=FALSE, expect=TRUE, expectArgs=list(type="l"), extend=TRUE, countsArgs=list(type="h", col="darkgray", pch=NA), plotArgs=list(xlab="Genomic position", main="TSS for segment 's1_-_155'")) ################################################### ### code chunk number 14: convert_iranges ################################################### readsRd <- readsAsRangedData(z) segmentsRd <- segmentsAsRangedData(z) tssRd <- tssAsRangedData(z) ################################################### ### code chunk number 15: export_rtracklayer ################################################### #library(rtracklayer) #tmpFile <- tempfile() #export.gff3(readsRd, paste(tmpFile, "gff", sep=".")) #export.bed(segmentsRd, paste(tmpFile, "bed", sep=".")) #export.bed(tssRd, paste(tmpFile, "bed", sep=".")) ################################################### ### code chunk number 16: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)