### R代码从vignette源的SIM。Rnw“# # #编码:utf - 8 ################################################### ### 代码块1号:选项 ################################################### 选项(继续= " ")选项(宽度= 40 ) ################################################### ### 代码块2号:SIM卡。Rnw: 113 - 114 (eval = FALSE ) ################################################### ## 帮助(包= " SIM卡 ") ################################################### ### 代码块3号:SIM卡。Rnw: 119 - 120 ################################################### 库(SIM卡 ) ################################################### ### 代码块数量4:SIM卡。Rnw: 125 - 128 ################################################### 数据(expr.data)数据(acgh.data)数据(样本 ) ################################################### ### 代码块5号:SIM卡。Rnw: 133 - 135 ################################################### 名称(expr.data)名称(acgh.data ) ################################################### ### 代码块6号:SIM卡。Rnw: 140 - 147 ################################################### acgh.data.only < - acgh。Data [， 5:ncol(acgh.data)] expr. Data .only <- expr. Data .only <- expr. Data . Data .only <- expr. Data。Data [， 5:ncol(express . Data)] acgh.data.s <- acgh.data.s。Only [， order(colnames(acgh.data.only))] exr .data.s <- exr .data.s。Only [， order(colnames(expr.data.only))] sum(colnames(expr.data.s) == colnames(acgh.data.s))数据<- cbind(acgh. cbind)数据[，1:4]，acgh.data.s) expr。数据<- cbind(expr。数据[1:4],expr.data.s ) ################################################### ### 代码块7号:SIM卡。Rnw: 158 - 172 ################################################### assemble.data dep。Data = acgh。数据,它的。Data = expr。数据,dep.ann = colnames (acgh.data)[1:4],它的。ann = colnames(expr.data)[1:4]， dep.id = "ID"， dep.chr = "染色体"，dep.pos = "STARTPOS"， dep.symb = "符号"，indep. ID = "ID"， dep.chr = "染色体"id = " id "， indep。chr = "CHROMOSOME", indep.pos = "STARTPOS", indep.symb = "Symbol", overwrite = TRUE, run.name = "chr8q") ################################################### ### code chunk number 8: SIM.Rnw:203-208 ################################################### integrated.analysis(samples = samples, input.regions = "8q", zscores = TRUE, method = "full", run.name = "chr8q") ################################################### ### code chunk number 9: SIM.Rnw:221-224 ################################################### sim.plot.pvals.on.genome(input.regions = "8q", adjust.method = "BY", run.name = "chr8q") ################################################### ### code chunk number 10: SIM.Rnw:241-246 ################################################### tabulate.pvals(input.regions = "8q", adjust.method = "BY", bins = c(0.001, 0.005, 0.01, 0.025, 0.05, 0.075, 0.1, 0.2, 1), significance.idx=8, run.name = "chr8q") ################################################### ### code chunk number 11: SIM.Rnw:253-254 ################################################### sim.plot.pvals.on.region(input.regions = "8q", adjust.method = "BY", run.name = "chr8q") ################################################### ### code chunk number 12: SIM.Rnw:278-279 ################################################### opar <- par(no.readonly = TRUE) ################################################### ### code chunk number 13: SIM.Rnw:282-297 ################################################### library(RColorBrewer) sim.plot.zscore.heatmap(input.regions="8q", method="full", significance=0.005, z.threshold=3, colRamp=brewer.pal(11, "RdYlBu"), add.colRamp=rainbow(10), show.names.indep=TRUE, show.names.dep=TRUE, adjust.method="BY", add.plot="smooth", add.scale=c(-1, 3), pdf=TRUE, run.name="chr8q") ################################################### ### code chunk number 14: SIM.Rnw:301-302 ################################################### par(opar) ################################################### ### code chunk number 15: SIM.Rnw:321-325 ################################################### table.dep <- tabulate.top.dep.features(input.regions = "8q", adjust.method = "BY", run.name = "chr8q") head(table.dep[["8q"]]) ################################################### ### code chunk number 16: SIM.Rnw:328-332 ################################################### table.indep <- tabulate.top.indep.features(input.regions = "8q", adjust.method = "BY", run.name = "chr8q") head(table.dep[["8q"]]) ################################################### ### code chunk number 17: SIM.Rnw:337-346 ################################################### sim.plot.overlapping.indep.dep.features(input.regions="8q", adjust.method="BY", significance=0.1, z.threshold= c(-1,1), log=TRUE, summarize="consecutive", pdf=TRUE, method="full", run.name="chr8q") ################################################### ### code chunk number 18: SIM.Rnw:380-381 ################################################### toLatex(sessionInfo())